- １０年間の貸し付け後に売り払う契約について、「特例的な内容となることから」、「理財局長の承認を得て処理を行う」といった、財務省本省の関与をうかがわせる部分があったが、削られた。
- 5か所で昭恵夫人の名前があったが全て消された。
平成２６年４月に安倍総理大臣夫人の昭恵氏が森友学園を訪れ講演や視察を行ったとの記載が削除
「打合せの際、「本年４月２５日、安倍昭恵総理夫人を現地に案内し、夫人からは『いい土地ですから前に進めてください』とのお言葉をいただいた」との発言あり（森友学園籠池理事長と夫人が現地の前で並んで写っている写真を提示）」
- 「価格等について協議した結果、学園が買い受けることで合意した」という記述が削除された。
- 土地取引の経緯が時系列でまとめられた「事案の経緯」という項目がほとんど消された。改ざん前は3ページだったものが、2ページ半分が削除されて、改ざん後は数十行になった。
- 2014年4月28日に近畿財務局と森友側が打ち合わせした以下の部分が削除。
「打合せの際、「本年4月25日、安倍昭恵総理夫人を現地に案内し、夫人からは『いい土地ですから、前に進めてください。』とのお言葉をいただいた。」との発言あり（森友学園籠池理事長と夫人が現地の前で並んで写っている写真を提示）。」
- 2015年1月8日の箇所も削除。
「産経新聞社のインターネット記事（産経WEST産経オンライン【関西の議論】）に森友学園が小学校運営に乗り出している旨の記事が掲載。 記事の中で、安部首相夫人が森友学園に訪問した際に、学園の教育方針に感涙した旨が記載される。」
- 「事案の経緯」という項目での政治家の関与なども消された。
近畿財務局に森友学園から寄せられた要請も削除。
近畿財務局と森友学園の交渉経緯も削除。
、国会議員からの陳情などの具体的な事実も削除。
「国会においては、日本会議と連携する組織として、超党派による「日本会議国会議員懇談会」が平成9年5月に設立され、現在、役員には特別顧問として麻生太郎財務大臣、会長に平沼赳夫議員、副会長に安倍晋三総理らが就任」という部分が削除された。
- 当初、１０年間の貸し付け後に売り払う契約になっていたことについて「特例的な内容となることから」、「理財局長の承認を得て処理を行う」といった、財務省本省の関与をうかがわせる部分が削られた。
- 近畿財務局などが「学園の提案に応じて鑑定評価を行い、売払価格の通知を行うこととした。学園から買い受ける意思表示がなされたため、売り払い手続きを進めることとした」という、森友学園と事前交渉を行っていたことを示す記述が消された。
- かかわった国会議員などの名前が消された。
平成２０年から２５年にかけて学園を訪れた５人の議員の名前と、昭恵氏がも平成２６年４月に講演や視察を行ったことが記されていたが、その部分が削除された。
中山成彬・元文部科学相、平沼赳夫・元経済産業相、北川イッセイ議員の記述も消された。
また日本維新の会女性局の衆院議員３人（２０１３年１２月に森友学園の関係先を視察した杉田水脈衆院議員、三木圭恵元衆院議員など）の名前があったがすべて消された。
- 鴻池元防災担当大臣については「本件は、鴻池祥肇議員から近畿局への陳情案件」とも書かれていたが削除。
「本件は、平成２５年８月、鴻池祥肇議員（参・自・兵庫）から近畿局への陳情案件」
か平成２５年８月１３日に「鴻池祥肇議員秘書から近畿局へ照会（受電）。籠池理事長が、本件土地について購入するまでの間、貸付けを受けることを希望しており、大阪航空局に直接相談したいとの相談を受ける」などの記載があったが削除。
「Ｈ２７．１．２９平沼赳夫衆議院議員秘書から財務省に『近畿財務局から森友学園に示された概算貸付料が高額であり、何とかならないか』と相談。財務省は『法律に基づき適正な時価を算出する必要があるため、価格についてはどうにもならないこと、本件については学校の設立趣旨を理解し、これまで出来るだけの支援をしていること』を説明」という記述が削除された。
「Ｈ２７．２．１７鳩山邦夫衆議院議員秘書が近畿財務局に来局し『近畿財務局から森友学園に示された概算貸付料が高額であり、何とかならないか』と相談。近畿財務局はＨ２７．１．２９の財務省対応と同様な説明を行う」と記載されていたが削除された。
- 北川イッセイ元国土交通副大臣については「Ｈ２７．１．１５森友学園が国土交通省北川イッセイ副大臣秘書官に『近畿財務局から示された概算貸付料が高額であり、副大臣に面会したい』と要請。国土交通省は『貸付料は近畿財務局において決定する内容であるため、面会しても意味はなさない』旨回答」という記述があったが削除された。
- ８日後の８月２１日に近畿財務局の担当者が同席する形で籠池前理事長が大阪航空局を訪れたことも書かれていたが、これも削除
- 杉田水脈（すぎたみお）氏とは
国際的に慰安婦問題でのバックラッシュを行っている根っからの右翼。
日本会議系女性右翼団体「なでしこアクション」や極右のテキサス親父日本事務局等と一緒に、女子差別撤廃委員会にいって、慰安婦問題での日本を擁護し、国際常識を批判するなどの活動。日本批判をすべては二千翔津ｄふぉうとみて、産経新聞。右翼が言う歴史戦を行う右翼政治家・右翼活動家。
今回の文書改ざん暴露で、維新系、杉田氏も籠池の右翼学校建設を財務省に強く押し込んでいたことが判明した。
＊●事前交渉の記録も削除
近畿財務局などが「学園の提案に応じて鑑定評価を行い、売払価格の通知を行うこととした。学園から買い受ける意思表示がなされたため、売り払い手続きを進めることとした」という記述が削除された。
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◆財務省が主導・独断で文書を改ざんしたのではない
「私や妻が関係していたということになれば、これは、まさに私は間違いなく、総理大臣も国会議員も辞めるということははっきりと申し上げておきたい」
これがあって、そうなっては困るから、そこから文書を改ざんして明恵夫人のかかわりや首相の関係を消したのだ。
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